2月-5月 市科普教育基地联合会会同上海市青少年科技教育中心、《少年科学》、《上海科普教育》等单位和媒体，联合举办了“2006年上海市青少年‘科学畅想’绘画竞赛及展览活动”。活动分13个科学主题，有数万青少年参与，共评选出1300多幅优秀绘画作品，由上海少年儿童出版社将其编辑出版了《创绘未来——2006年上海市青少年“科学畅想”绘画竞赛优秀作品选》一书。
4月 市科普教育基地联合会会同市野生动物保护协会等单位联合举办了“2006年上海市‘爱鸟周’活动”。
5月21日 “2006年上海市科普教育基地联合会科技周开幕式暨上海市青少年科学畅想绘画竞赛发奖大会”在浦东展览馆举行。
5月20日-26日 在2006年上海科技周期间，专门开通了科普旅游专线，组委会提供10辆免费巴士供市民参加科普之旅活动。
7月 市科普促进中心、市科普教育基地联合会联合组织了“新建科普场馆负责人赴浙江杭州参观考察活动”。
9月 市科普教育基地联合会组织了“新疆科普考察活动”。
9月15日-21日 市科普教育基地联合会组织了“赴俄罗斯科普考察活动”。
10月14日 市科普教育基地联合会分别举办了“2006年度上海科普教育基地讲解员（导游）初级培训班”和“2006年度上海科普教育基地讲解员（导游）中级培训班”在上海旅游培训中心举行了结业典礼。本次培训班共培训初级讲解员34名、中级讲解员38名，是历年来培训人数最多的一次培训班。至此，共举行5期科普讲解员初、中级培训班，共有168人获得了初级或中级证书。
10月30日-11月3日 由市科普教育基地联合会主办，上海科技馆、上海青少年活动中心、上海航宇中心、上海隧道工程轨道交通设计研究院等21家科普教育基地参加的，以“科技伴我成长”为主题的第三届“上海科普教育大联展”，在崇明县青少年活动中心举行。上海城市建设设计研究院总工程师周良、中国极地研究中心 “雪龙号”政委等嘉宾分别向崇明县的机关干部.社区居民.青少年作了“沪崇越江工程”、“中国极地考察”等5场科普主题报告;受到大家的热烈欢迎。
11月19日 《上海市科普事业“十一五”规划》颁布。
12月 市科普教育基地联合会编辑出版了《走进科普馆——上海市科普教育基地旅游手册》。《手册》录入了全市150家科普基地的信息，并精选了68家作了详尽的介绍，是一本可看、可读、可用的科普旅游权威手册。该书也被选入《上海市“十一五”科技教师培训辅导材料》。
12月 《上海科普教育》编辑部举办了《上海科普教育》刊物的研讨会,就如何提高刊物的质量和加强刊物的发行,进行了重点研讨。
12月24日 市科普教育基地联合会召开第三届理事会，在全市150家科普教育基地的联合会会员单位，推选15家常务理事单位、26家理事单位组成市科普教育基地联合会第三届理事会，选举施新泉为理事长，张建卫为秘书长。联合会下设三个工作委员会：上海科普教育宣传委员会、上海科普场馆行业委员会和上海科普陈列专业委员会。
12月 市科普教育基地联合会协助市科委、市教委选定上海科技馆等10个科普基地作为本市“二期课改”的科学课程教学试验点，有近11万中小学生参加了在上述基地进行的教学实践活动。还参与编写了《上海市中小学科普教育基地活动指南》（共10册）。
12月 市科普教育基地联合会会同上海市青少年科技教育中心、上海市野生动物保护协会等单位联合主办“第三届上海市青少年野生动物保护科学普及及教育研讨会”，并编印了《第三届上海市青少年野生动物保护科学普及及教育研讨会论文集》。
12月24日 市科普教育基地联合会首次文艺演出在卢湾区青少年活动中心剧场举行，共有来自18个单位的85位演员参加了表演，活动取得圆满成功。